După 1944 Biserica a fost înlăturată treptat din viața statului. În 1948 a fost eliminat învățământul religios din școli, s-au interzis slujbele în spitale, azile și cazărmi, au fost suprimate periodicele bisericești ale eparhiilor, au fost desființate Facultatea de Teologie din Suceava (fosta la Cernăuți), patru Academii teologice din Ardeal și Banat, precum și seminariile teologice ale eparhiilor din Muntenia și Moldova, s-a oprit catehizarea tineretului. Curând după 1944 peste o mie de preoți ortodocși (la care se adaugă și cei romano-catolici, greco-catolici și protestanți) au fost arestați, aruncați în închisori, trimiși să lucreze la canalul Dunăre-Marea Neagră, unii deportați chiar în Siberia; unii au murit acolo, iar cei mai mulți au fost eliberați abia în 1964. Între cei aruncați în închisori, se numărau și teologi de mare prestigiu, ca: Nichifor Crainic, Ioan Savin, Dumitru Staniloae, Liviu G. Munteanu, Ilarion Felea, Ion V. Georgescu (deportat în Siberia) și mulți alții; câțiva preoți ortodocși au fost împușcați. Fostul mitropolit al Bucovinei, Visarion Puiu a fost condamnat la moarte, în contumacie (+1964, în Franța). În 1959 au fost desființate un număr de schituri și mânăstiri, sute de călugări și călugărițe au fost scoși din ele în mod brutal și trimiși în familiile lor sau în fabrici de către organele de stat. În ultimii ani ai dictaturii comuniste au fost demolate peste 20 de lăcașuri de închinare din București (mănăstirile Cotroceni, Văcărești, Pantelimon, bisericile Sfânta Vineri, Sfântul Spiridon Vechi, Alba-Postăvari, Enei, Spirea Noua Izvor,Sfânta Treime Dudești etc.). Autorizațiile pentru ridicarea sau repararea unor biserici se obțineau cu multă greutate. Preoțimea ortodoxă, în totalitatea ei, era supravegheată și controlată în permanentă, prin așa-numiții "inspectori de culte" și ofițeri de Securitate, prezenți mereu în toate instituțiile bisericești.
La 4 august 1948 s-a publicat Legea pentru regimul general al Cultelor. Erau recunoscute 14 culte: ortodox, romano-catolic, armeano-gregorian, creștin de rit vechi (lipovean), reformat (calvin), evanghelic-luteran C.A., sinodo-prezbiterian, unitarian, mozaic, musulman, baptist, adventist de ziua a șaptea, penticostal și creștin după Evanghelie, toate având organizarea lor specifică și lăcașuri de cult.
La 19-20 octombrie 1949, Sfântul Sinod a votat Statutul pentru organizarea Bisericii Ortodoxe Române, aprobat apoi și de Ministerul Cultelor (are la bază principiile Statutului Organic al lui Andrei Șaguna). Potrivit acestuia, Biserica noastră avea un număr mai redus de eparhii, în comparație cu perioada precedentă: I. Mitropolia Ungrovlahiei, cu eparhiile: Arhiepiscopia Bucureștilor, Arhiepiscopia Tomisului și Dunării de Jos (cu sediul la Galați), Episcopia Buzăului; II. Mitropolia Moldovei și Sucevei, cu Arhiepiscopia Iașilor, Episcopia Romanului și Hușilor; III. Mitropolia Ardealului, cu Arhiepiscopia Sibiului, Arhiepiscopia Vadului, Feleacului și Clujului, Episcopia Alba-Iuliei (înființata în 1975), Episcopia Oradiei; IV. Mitropolia Olteniei, cu Arhiepiscopia Craiovei și Episcopia Râmnicului și Argeșului; V. Mitropolia Banatului, cu Arhiepiscopia Timișoarei și Caransebeșului și Episcopia Aradului.
Se prevede și acum participarea laicilor la conducerea Bisericii, în Adunările și Consiliile parohiale, Adunările și Consiliile eparhiale și Adunarea Națională Bisericească (pentru întreaga Patriarhie), în proporția cunoscută: 1/3 clerici și 2/3 mireni.
Pentru credincioșii ortodocși români care trăiau peste hotare s-au organizat: Arhiepiscopia Misionara Ortodoxa Româna din Statele Unite și Canada, cu sediul la Detroit și Arhiepiscopia Misionară Ortodoxă Romană pentru Europa Centrală și Occidentală, cu sediul la Paris. Vechea Episcopie din America înființata în 1934 (devenită, între timp, Arhiepiscopie) n-a mai păstrat legăturile cu țara și cu Patriarhia.
Între ierarhii din perioada de care ne ocupăm, consemnăm în primul rând pe patriarhul Justinian Marina (1948 - 1977), priceput organizator și îndrumător al vieții bisericești în condițiile create după al doilea război mondial. A fost urmat de Iustin Moisescu (1977 - 1986), fost profesor la Facultățile de teologie din Varșovia, Cernăuți și București, apoi mitropolit al Ardealului (1956 - 1957) și al Moldovei (1957 - 1977). Din 1986 și până în 2007 Biserica noastră a fost păstorită de Teoctist Arăpașu, fost episcop-vicar patriarhal, episcop al Aradului, mitropolit al Olteniei, apoi al Moldovei. Dintre ceilalți ierarhi, menționam pe mitropoliții Ardealului Nicolae Colan (1957 - 1967), Nicolae Mladin (1967 - 1981) și Antonie Plămădeală (din 1982, fost episcop-vicar patriarhal, apoi episcop al Buzăului); apoi Firmilian Marin (1947 - 1972) și Nestor Vornicescu ai Olteniei (din 1978); Vasile Lăzărescu (1934 - 1961) și Nicolae Corneanu ai Banatului (din 1962), episcopii Andrei Magieru al Aradului (1936 - 1960), Chesarie Păunescu al Constanței, apoi al Dunării de Jos (1944 - 1973), Iosif Gafton al Râmnicului și Argeșului (1944 - 1984), Antim Anghelescu al Buzăului (1944 - 1979), Vasile Coman al Oradiei (1971 - 1992), cei mai mulți autori de lucrări teologice și istorice, participanți la numeroase Congrese și întruniri peste hotare.
Între faptele mai de seama din viața bisericească trebuie să mai reținem revenirea la Ortodoxie a majorității covârșitoare a clerului și credincioșilor uniți (greco-catolici) în anul 1948, precum și prima canonizare oficială a unor sfinți și mărturisitori de neam român (1955).
Pentru pregătirea personalului de cult au funcționat șase seminarii teologice cu durată de cinci ani (București, Buzău, Mânăstirea Neamț, Cluj-Napoca, Craiova și Caransebeș) și doua Institute Teologice de grad universitar cu durată de patru ani, la București și Sibiu.
O serie de teologi români s-au remarcat prin lucrările lor sau prin activitatea ecumenică: Dumitru Staniloae, Ioan Coman, Liviu Stan, Nicolae Chițescu, Emilian Vasilescu, Orest Bucevschi, Nicolae Balca, Nicolae Nicolaescu, Ene Braniște, Ioan Rămureanu, Vladimir Prelipceanu, Mircea Chialda, Petru Rezuș, Alexandru Ciurea, Nicolae Lungu, toți la București; Nicolae Neaga, Nicolae Mladin, Sofron Vlad, Grigorie Marcu, Dumitru Belu, Iorgu Ivan, Milan Șesan, Isidor Todoran, Ștefan Lupșa, Teodor Bodogae, Corneliu Sârbu, Dumitru Călugar, Gheorghe Șoima, Alexandru Moisiu, la Sibiu.
Patriarhia Română edita câteva publicații periodice: Biserica Ortodoxă Română (apare din 1874), buletinul oficial al Patriarhiei Române, Studii Teologice, revista Institutelor Teologice; Ortodoxia, revista Patriarhiei (fiecare cu un tiraj de 10.000 ex., cu 4-6 apariții pe an). Toate cele cinci Mitropolii editau câte o revistă, tot cu câte 4-6 apariții pe an: Glasul Bisericii (Mitropolia Ungrovlahiei), Mitropolia Moldovei și Sucevei, Mitropolia Ardealului, Mitropolia Banatului. La Sibiu apare foaia bisericească bilunară Telegraful Român, cel mai vechi periodic românesc, cu apariție neîntreruptă din 1853.
În Editura și Tipografia Institutului Biblic și de Misiune Ortodoxă din București s-au tipărit: Biblia (patru ediții, în 1968, 1975, 1982, 1988), cărți de cult, manuale pentru învățământul teologic universitar și seminarial, lucrări teologice, cărți pentru credincioși, cărți de rugăciuni, calendare ș.a. Același lucru l-au făcut și tipografiile eparhiale de la Mânăstirea Neamț, Sibiu și Timișoara.
După 1948 au fost restaurate, pictate sau reparate prin daniile credincioșilor majoritatea celor peste 12.000 de lăcașuri de cult ortodox (biserici, mănăstiri, schituri, paraclise) de pe tot cuprinsul țării. Au fost restaurate cele mai multe din bisericile și mănăstirile monumente istorice. În același timp, s-au construit peste 500 de biserici noi, în tot cuprinsul Patriarhiei, dintre care multe sunt adevărate monumente de artă.
Biserica Ortodoxă Română a întreținut legături de prietenie și colaborare cu toate celelalte Patriarhate și Biserici ortodoxe autocefale. Aceste relații sunt marcate îndeosebi de vizitele oficiale făcute Bisericii Ortodoxe Române de patriarhii Constantinopolului, Alexandriei, Antiohiei, Ierusalimului, Serbiei, Bulgariei, precum și vizitele oficiale făcute de reprezentanții Bisericii Ortodoxe Române acestor Patriarhii, în ultimele decenii.
S-au stabilit relații cu Bisericile vechi Orientale (Patriarhia Etiopiei, Patriarhia armeană din Etchimiadzin, Patriarhia coptă din Egipt și Biserica siriana iacobită din Kerala-India), cu Biserica romano-catolică (mai ales din Austria, Germania și Belgia), cu Biserica veche catolică, cu Biserica anglicană, cu o serie de Biserici protestante.
Biserica Ortodoxă Romană activează în Consiliul Mondial al Bisericilor din anul 1961. A trimis delegați la Adunările generale de la New Delhi (1961), Uppsala (1968), Nairobi (1975), toate conduse de mitropolitul de atunci al Moldovei și Sucevei, Iustin Moisescu (fost membru în Comitetul Central până în 1977) și Vancouver (1983), condusă de mitropolitul Ardealului Antonie Plămădeala. Alți ierarhi și teologi ortodocși români activează în diferite Comisii ale Consiliului Ecumenic al Bisericilor. Patriarhii Justinian și Iustin au făcut vizite la sediul Consiliului Mondial de la Geneva (1966-1981). La rândul lor, numeroși conducători ai acestei mari organizații intercreștine au făcut vizite în România cu diferite ocazii, purtând discuții cu patriarhii români, cu alți conducători de culte, ierarhi și profesori de teologie. Biserica noastră si-a adus aportul și la promovarea dialogului intercreștin și în cadrul Conferinței Bisericilor Europene, cu sediul la Geneva (câteva sesiuni ale acestor două mari organizații s-au ținut în România).
