În Transilvania - organizată ca "voievodat" până în 1541 - avem dovezi sigure despre existența unor arhiepiscopi și mitropoliți ortodocși încă în ultimul sfert al veacului al XIV-lea. Astfel, nu de mult s-a descoperit în biserica Mânăstirii Râmeț (jud. Alba) o inscripție care consemnează numele arhiepiscopului Ghelasie și anul 1377. De altfel, în 1360 era atestat documentar cel mai vechi protopop român cunoscut cu numele. În anii următori sunt întâlniți în documente mulți alți preoți și protopopi, în toate zonele intracarpatice. Am consemnat în paginile anterioare câteva din numeroasele biserici românești din Transilvania, din secolele XIII-XV. Inscripția de la Râmeț, ca și celelalte constatări, duc la concluzia că și românii transilvăneni aveau o organizare bisericească asemănătoare cu a românilor de la sud și est de Carpați, în frunte cu un arhiepiscop, sau mitropolit. Ei nu aveau însă un sediu stabil, ci erau nevoiți să stea acolo unde le permiteau cârmuitorii politici ai Transilvaniei de atunci. Așa de pilda, un ierarh cu numele Ioan se stabilise în Hunedoara, dar în 1456 a fost arestat și închis de un inchizitor papal. în 1479 era atestat un mitropolit cu numele Ioanichie, probabil cu sediul tot în jurul Hunedoarei. Înainte de 1488, pentru vreo șapte decenii, patru mitropoliți ai Transilvaniei au stat în satul Feleac, lângă Cluj: Daniil, Marcu, Danciu (Ștefan?) și Petru . Un mitropolit Ioan, originar din satul Peșteana, se pare că și-a avut sediul în Mănăstirea Prislop (1533). Între anii 1557-1570, trei mitropoliți și-au avut reședința în mănăstirea de la Geoagiu, nu departe de fostul scaun vlădicesc de la Râmeț.
După ce Alba-Iulia a devenit capitala principatului autonom al Transilvaniei - creat în 1541, când Ungaria a fost transformată în pașalâc turcesc - sediul Mitropoliei Transilvaniei s-a stabilit în acest oraș (se pare din 1572), unde a rămas până la începutul secolului al XVIII-lea. Aici au păstorit mitropoliții Ghenadie I (1579 - 1585), sprijinitor al diaconului tipograf Coresi din Brașov, Ioan de la Prislop (1585 - cca. 1605), în timpul căruia Mihai Viteazul a ridicat o nouă catedrală și o reședință mitropolitană în Alba-Iulia (1597), Teoctist (cca. 1605 - d. 1622), Ghenadie II (1627 - 1640), Ilie Iorest (1640 - 1643, +1678), apărător al Ortodoxiei, Simion Ștefan (1643 - 1656), sub care s-a tipărit Noul Testament de la Alba-Iulia din 1648, prima ediție în limba română, Sava Brancovici (1656 - 1680, +1683), luptător împotriva încercărilor de calvinizare a românilor și alții. Pentru lupta lor energică de apărare a Ortodoxiei, potrivit unei hotărâri sinodale, mitropoliții Ilie Iorest și Sava Brancovici au fost canonizați în anul 1955.
Dar în teritoriile intracarpatice au mai existat episcopii românești la Vad (secolele XVI-XVII), întemeiată probabil de Ștefan cel Mare pentru teritoriile stăpânite în Transilvania de domnii Moldovei, ai cărei titulari erau hirotoniți în Moldova, și în Maramureș (sfârșitul secolului al XVI-lea - începutul secolului al XVIII), fără un sediu stabil.
În Banat exista un scaun mitropolitan la Timișoara, încă de la începutul secolului al XVII-lea (devenit cu timpul episcopie), unde a păstorit Iosif cel Nou, zis de la Pardos (cca. 1650 - 1653, +1655/56), trecut în landul sfinților în 1956. Alte episcopii existau la Vârșeț - Caransebeș (secolele XVI-XIX) și la Ineu - Lipova (secolul XVI), mutată în 1706 la Arad, unde a rămas până azi. Unii episcopi români au activat și în părțile Bihorului (secolul al XVII-lea - începutul secolului al XVIII-lea).
Biserica Ortodoxă Română din Transilvania a avut permanente legături cu domnitorii și ierarhii din Țara Româneasca și Moldova. De pildă, mitropoliții Ungrovlahiei aveau și calitatea de "exarhi ai Plaiurilor", adică de reprezentanți ai Patriarhiei Ecumenice din Transilvania ("Plaiuri"), locuită de români ortodocși, unde Patriarhia nu-și putea impune direct autoritatea sa. Numeroși domnitori munteni și moldoveni au ridicat biserici și mănăstiri în Transilvania: Prislop, Lancram, biserica Sfântul Nicolae din Scheii Brașovului, Vad, Feleac, Toplița, Catedrala mitropolitană din Alba Iulia, ridicată de Mihai Viteazul, biserica din Turnu Rosu (jud. Sibiu) de Matei Basarab, bisericile din Ocna Sibiului și Făgăraș sau mânăstirea de la Sâmbăta de Sus, toate ctitorite de Constantin Brâncoveanu ș. a. În schimb, un număr de mânăstiri și biserici de mir din Țara Romaneasca și Moldova erau ctitorii ale transilvănenilor.
Trebuie consemnat și faptul că Biserica Ortodoxă Românească din Transilvania nu era o religie de stat, oficială, ci dimpotrivă, o religie "tolerată", spre deosebire de celelalte patru confesiuni care aveau statutul de "recepte". Se știe că pe la mijlocul secolului al XVI-lea sașii transilvăneni - până atunci catolici - au trecut la luteranism, iar o bună parte din unguri și secui - până atunci tot catolici - au trecut la calvinism și unitarianism. Din a doua jumătate a secolului al XVI-lea și pe tot parcursul celui de al XVII-lea, conducătorii confesiunii calvine - de regula ajutați de principii maghiari ai Transilvaniei din Alba Iulia - au desfășurat o puternică acțiune prozelitistă printre români, prin a activa așa-numiți "episcopi romano-calvini", prin tipărituri cu caracter calvin, prin impunerea unor restricții ierarhilor, protopopilor și preoților ortodocși, toate urmărind convertirea românilor la calvinism și, în final, maghiarizarea lor. Doi dintre ierarhii ardeleni - Ilie Iorest și Sava Brancovici - au fost înlăturați din scaun și întemnițați, pentru ca s-au opus acestei acțiuni prozelitiste. În pofida acestor acțiuni, prozelitismul calvin n-a dus la rezultatele dorite, pentru că marea masă a românilor au rămas statornici în credința ortodoxă, salvând astfel însăși ființa etnică românească.
După ce Transilvania a ajuns sub stăpânirea Habsburgilor (1688 - 1918), o parte infimă a clerului și credincioșilor români au fost siliți, prin presiuni și amăgiri, să accepte "unirea" cu Biserica Romei (1698 - 1701), în timpul mitropolitului Atanasie Anghel. S-a ajuns astfel la o "dezbinare" a Bisericii românești, deși pur formală, căci, în afara de recunoașterea primatului papal, întreaga doctrină, cultul și organizarea noii Biserici unite au rămas neschimbate. Întru apărarea Ortodoxiei strămoșești s-au ridicat o serie de călugări, preoți de mir și credincioși, între care consemnăm pe ieromonahul Visarion Sarai (1744), care și-a sfârșit viata în închisoare de la Kufstein în Austria, ieromonahul Sofronie de la Cioara, conducătorul unei răscoale țărănești în anii 1759-1761, credinciosul țăran Oprea Miclauș din Săliștea Sibiului, care a făcut trei călătorii la Viena cu memorii ale românilor ortodocși, mort la Kufstein, preoții Moise Macinic din Sibiel și Ioan din Galeș, care și-au sfârșit viața în aceeași închisoare, ieromonahul Nicodim, protopopul Nicolae Pop din Balomir și preotul Ioan din Aciliu, care au călătorit până la Petersburg, spre a solicita sprijinul țarinei Elisabeta Petrovna pentru românii transilvăneni prigoniți pentru credința lor, protopopul Ioan Piuariu din Sadu, preotul Stan din Glamboaca, credinciosul Ioan Oancea din Fagaraș, credinciosul Tănase Todoran din Bichigiu, în părțile Năsăudului, frânt cu roata și sute de alți preoți și credincioși întemnițați, maltratați sau alungați din satele lor. Pentru lupta lor dârză de apărare a Ortodoxiei, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române a hotărât ca ieromonahii Visarion și Sofronie, precum și credinciosul Oprea Miclauș să fie cinstiți în Biserica noastră ca mărturisitori ai dreptei credințe. În anul 1992 au fost trecuți între sfinți preoții Moise Macinic din Sibiel și Ioan din Galeș. Toți cinci sunt prăznuiți la 21 octombrie.
În 1701, Curtea din Viena a desființat vechea Mitropolie ortodoxă a Transilvaniei cu sediul la Alba Iulia, iar în locul ei s-a creat o Episcopie unită, supusă arhiepiscopului romano-catolic maghiar din Esztergom; sediul ei a fost mutat apoi la Făgăraș (1723) și Blaj (1737). Ulterior a fost ridicată de papă la rangul de Mitropolie (1853), cu trei dieceze sufragane: Oradea (înființata în 1777 și subordonata inițial tot Eszterogomului), Gherla și Lugoj, infinitate în 1853. Românii ortodocși au rămas fără un conducător duhovnicesc între anii 1701 - 1761, când Curtea din Viena - constrânsă de mișcarea condusă de călugărul Sofronie de la Cioara - a numit un episcop ortodox sârb, Dionisie Novacovici, cu sediul în Rășinari, urmat de alți trei, care și-au stabilit reședința în Sibiu: Sofronie Chirilovici, Ghedeon Nichitici și Gherasim Adamovici . Abia în 1810 au obținut dreptul de a-și alege un episcop de neam român - Vasile Moga - stabilit tot în Sibiu (1811 - 1845). Acesta s-a interesat - în pofida restricțiilor ce i-au fost impuse - de școlile românești din eparhie, de pregătirea preoților, de tipărituri, dar a militat și pentru emanciparea politico-socială a neamului său.
Spre deosebire de Țara Româneasca și Moldova, în Transilvania n-au existat mănăstiri mari din cauză că nu era nici o clasă conducătoare cu stare materială corespunzătoare, care să contribuie la ridicarea lor. Aici trăia numai un popor de țărani, îndrumat de puținii lor ierarhi și de preoți. Cu puținele resurse materiale de care dispuneau acești credincioși au ridicat un număr apreciabil de schituri și mănăstiri ortodoxe, care au sprijinit și anumite acțiuni cu caracter cultural. Primele manuscrise cunoscute în limba româna, din secolele XV-XVI (Codicele Voronețean, Psaltirea Voronețeană, Psaltirea Șcheiană, Psaltirea Hurmuzaki), cuprind texte din Sfânta Scriptură, copiate undeva în centrul sau sudul Transilvaniei, de către preoți și călugări români, datorită dorinței acestora și a credincioșilor de a citi și asculta cuvântul Sfintei Scripturi în propria lor limbă. În a doua jumătate a secolului al XVI-lea a activat la Brașov unul din cei mai vechi tipografi din vechea cultură românească, diaconul Coresi, originar din Târgoviște. El a tipărit peste 25 de carti, în slavonește și românește. Între cele din urmă notăm Liturghierul și Psaltirea cu învățătură sau Cazania din 1581. În secolul următor s-a înființat o noua tipografie la Alba Iulia în care a fost reeditată această Cazanie (1640-1641), și în care a apărut apoi Noul Testament din 1648 și Chiriacodromionul din 1699 (o reeditare a Cazaniei lui Varlaam de la Iași).
Tot în secolul al XVII-lea, protopopul Vasile de la biserica Sfântul Nicolae din Șcheii Brașovului a scris o Cronică a acestei biserici, continuată în secolul următor, de către preotul Radu Tempea II (+1742), sub forma unei Istorii a acestei biserici. Tot în secolul al XVIII-lea, ieromonahul Efrem de la Mănăstirea Prislop, a alcătuit o cronică în versuri intitulată "Plângerea sfintei mănăstiri a Prislopului", un preot de mir, Sava Popovici din Rășinari, a copiat felurite manuscrise cu caracter teologic și istoric.
Spre sfârșitul secolului al XVIII-lea și începutul celui următor au activat marii cărturari uniți Samuil Micu (1745 - 1806), Gheorghe Șincai (1754 - 1816) și Petru Maior (1756 - 1821), autorii unor remarcabile lucrări istorice și lingvistice, prin care căutau să dovedească originea română a poporului român și a limbii sale, precum și continuitatea elementului român în Dacia. Ieromonahul Samuil Micu a tipărit și o noua ediție a Bibliei la Blaj (1795), a scris diferite lucrări de istorie bisericeasca și de teologie, a tradus din literatura patristică greacă. Protopopul Petru Maior a tipărit prima Istorie bisericeasca a românilor (1813), precum și câteva volume de predici.
Ca și dincolo de Carpați, în incinta unor mănăstiri și schituri din Transilvania și Banat funcționau școli pentru copiii din satele învecinate. O școala românească cu vechi tradiții era cea din incinta bisericii Sfântul Nicolae din Șcheii Brașovului; cei mai mulți din dascălii ei au ajuns preoți la biserica respectivă. Datorită lipsurilor materiale prin care treceau, mănăstirile de aici n-au ajuns niciodată să poată desfășura o activitate culturală și filantropică la nivelul celor de peste munți. De altfel, prin anii 1761 - 1762, majoritatea mănăstirilor și schiturilor existente atunci în Transilvania (peste 150) au fost distruse cu tunurile sau incendiate, din ordinul generalului Nicolaei Adolf Bukow, trimisul împărătesei Austriei, Maria Tereza. Practic, după această dată, în Ardeal a încetat orice urma de viață monahală.
