Comisiile Adunării Naţionale Bisericeşti sunt:
- Comisia administrativ-juridică şi de validare;
- Comisia socială şi pentru comunicaţii media;
- Comisia culturală şi educaţională;
- Comisia economică, bugetară şi de patrimoniu imobiliar (bunuri bisericeşti);
- Comisia pentru românii ortodocşi de peste hotare şi pentru relaţii externe bisericeşti.
La lucrările Comisiei pentru românii ortodocşi de peste hotare şi pentru relaţii externe bisericeşti pot fi invitaţi şi reprezentanţi clerici şi mireni ai eparhiilor ortodoxe române din afara graniţelor ţării, când ordinea de zi impune acest fapt. La convocarea preşedintelui, comisiile Adunării Naţionale Bisericeşti se pot întruni şi între şedinţele acesteia, potrivit cerinţelor (art. 23 din Statut).